Por Lia Costa Pinto Wentzel e Renato A. Corrêa dos Santos
Segunda edição do Workshop de Python para Dados de Microbiologia ocorre em outubro com apoio da Universidade Federal de Ciências da Saúde de Porto Alegre (UFCSPA).
Os biocientistas têm usado cada vez mais linguagens de programação para realizar a análise de dados em suas pesquisas. Entre as linguagens que se destacam, podemos mencionar R e Python, que vêm sendo aplicadas em inúmeras áreas das ciências da vida, como nas ciências biomédicas, na ecologia e na bioinformática. Por vezes, estas análises envolvem experimentos relativamente simples em tamanho, complexidade e nas estatísticas envolvidas. No entanto, em muitas outras situações os dados são altamente complexos, fazendo com que as análises não apenas exijam o ajuste ou transformação dos dados que o pesquisador tem em mãos, mas também o uso de estatísticas mais avançadas e métodos específicos para responder às perguntas.
Crédito da imagem: @charlesdeluvio em Unsplash
Uma das áreas em que a programação pode ser usada em pesquisa é a Microbiologia. Nela, as análises computacionais podem envolver dados do cotidiano do laboratório, como quantificação do crescimento microbiano, que pode ser feito através da contagem de células de bactérias no microscópio ou a análise do tamanho de colônias que crescem nas placas de Petri. Na saúde, podemos citar como exemplos de aplicação de programação a análise descritiva da resistência a antimicrobianos em fungos e bactérias de um determinado país ou região. A programação pode ser usada para estudar a epidemiologia e as sequências de DNA de patógenos importantes, como de SARS-CoV-2 (COVID-19). Claro, os cientistas que atuam em microbiologia industrial, microbiologia ambiental e até mesmo na microbiologia com aplicações biotecnológicas também se beneficiam do conhecimento de programação para explorar seus dados e responderem perguntas importantes todos os dias.
Embora esta tendência do uso de programação na biologia seja hoje bastante perceptível dentro das universidades, os alunos de graduação, de pós-graduação, pesquisadores de pós-doutorado e até mesmo os professores, normalmente não têm formação específica para a análise de dados. Muitos não cursam ou não cursaram disciplinas básicas de programação durante sua formação acadêmica.
Em 2017, Renato Santos (atualmente membro da Rede ComCiência), juntamente com pesquisadores no Instituto de Química da Universidade de São Paulo (USP), organizaram um evento voltado para o ensino de programação em Python para biocientistas, o Workshop de Python para Dados Biológicos. Em 2021, juntamente com outros alunos de graduação e pós-graduação, e apoiado por docentes ligados ao Programa de Pós da Genética e Biologia Molecular da UNICAMP (Valéria Maia e Renato Vicentini), Renato fomentou o desenvolvimento do Workshop de Python para Dados de Microbiologia, que terá sua segunda edição em outubro, com o apoio da Universidade Federal de Ciências da Saúde de Porto Alegre (UFCSPA), representada pelo Prof. Dr. Rodrigo Ligabue-Braun.
Diferentemente do Workshop de Python para Dados Biológicos, que teve início no formato presencial e em decorrência da COVID-19 migrou para o formato online, o evento para a Microbiologia teve início já no formato virtual e assim continuará sendo. Desta maneira, esse tipo de evento possibilita incluir pessoas, tanto participantes como membros da comissão, que estejam em qualquer lugar do Brasil e do mundo.
A realização de um workshop específico para microbiologia apresenta muitas vantagens, como por exemplo, permite a apresentação de trabalhos específicos da área e num contexto atual, como da pandemia da COVID-19. Além disso, como os dados são mais específicos, isso é uma forma de garantir que os participantes estarão familiarizados com o assunto, diminuindo uma barreira no aprendizado de programação (embora o Workshop de Python para Dados Biológicos seja com dados biológicos, ainda assim os tópicos são muito amplos e isso pode dificultar o acompanhamento e o foco em aprender PROGRAMAÇÃO).
O I Workshop de Python para Dados de Microbiologia contou com 19 participantes, dentre eles alunos de graduação e pós-graduação, e foi determinante para despertar o interesse por essa linguagem de programação em alguns deles. Segundo Juliana Santos, participante do workshop e agora membro da comissão organizadora, “o evento abordou a linguagem Python de maneira didática, clara e objetiva. Isso tornou o evento inclusivo para os alunos sem nenhuma experiência prévia com programação. Os monitores estavam sempre atentos às dúvidas, tornando o aprendizado mais completo. Além disso, o evento contou com palestras, as quais nos motivaram a aprender Python vendo as inúmeras aplicações dentro do contexto da microbiologia”. Juliana também destacou como ponto positivo o fato de a organização ter aberto espaço para receber feedback diário dos participantes e acredita que “a sementinha da programação em Python foi plantada em cada participante”.
Um aspecto interessante do workshop é que ele é feito por e para alunos de graduação e pós, de maneira voluntária. Para Natalia Coutouné, membro da comissão organizadora do II Workshop de Python para Dados de Microbiologia, “o mais maravilhoso deste grupo é que ele é auto-organizado, e todas as pessoas nele não têm obrigação de estar ali, mas compartilham a vontade de estar ali, com a motivação genuína de participar, ensinar e aprender.” Ela diz que ao participar da organização está “tendo a oportunidade de interagir com pessoas incríveis, e também, de me conectar, como nunca antes, com mulheres incríveis aprendendo a programar. Neste trilho sinuoso que nos é negado, temos achado amparo no grupo para participar de um code-club, aberto a todos, mas unicamente composto por mulheres. Me sentir parte e acolhida, tem me dado forças para reforçar a minha iniciativa de aprender para poder ensinar”. O codeclub ao qual ela se refere é um encontro quinzenal no qual são abordados diferentes tópicos e estruturas da linguagem de programação, e serve como um treino para o workshop em si, além de ser uma forma de manter os organizadores em contato com Python.
A maneira como é conduzido, trazendo participantes de edições anteriores para serem organizadores das próximas, é uma maneira de garantir a continuidade do evento e também treinar pessoal para a realização de outros.